Í nýrri skýrslu Ríkisendurskoðunar um endurskoðun ríkisreiknings 2006 kemur fram að alls voru tólf stofnanir í A-hluta ríkisins með samtals 221 milljóna króna yfirdrátt á bankareikningi í árslok 2006. Ríkisendurskoðun bendir á, að samkvæmt reglum fjármálaráðuneytisins um láns- og reikningsviðskipti ríkisstofnana í A-hluta ríkissjóðs sé ríkisstofnunum óheimilt að fjármagna rekstur sinn með yfirdrætti á bankareikningi.
Ríkisendurskoðun segir, að hallarekstur stofnana, sem fara fram úr fjárheimildum, hafi einnig verið fjármagnaður með greiðslum úr ríkissjóði og hann sé þá færður sem skammtímaskuld þeirra við hann. Þær 75 stofnanir, sem fóru meira en 4% fram úr fjárheimildum á árinu 2006 og voru í skuld við ríkissjóð höfðu fjármagnað hallann með 3,5 milljarða króna viðskiptaskuld við ríkissjóð.
Mikill afgangur varð á rekstri ríkissjóðs árið 2006 og styrktist staða höfuðstóls hans verulega. Veginn launakostnaður ríkisins jókst einnig heldur minna en gert var ráð fyrir. Þá er umhirða ríkisstofnana um bókhaldsgögn almennt í góðu lagi.
Ríkisendurskoðun segir, að fjárhagsstaða ríkissjóðs hafi batnað verulega undanfarin tvö ár vegna mikils rekstarafgangs, 115 milljarða árið 2005 og 82 milljarða árið 2006.
Árið 2006 skýrist þessi afgangur einkum af auknum skatttekjum og öðrum rekstrartekjum vegna þenslu í íslensku efnahagslífi. Afkoma ríkissjóðs varð því mun betri en fjárlög ársins 2006 gerðu ráð fyrir, en þar var reiknað með 20 milljarða afgangi. Segir Ríkisendurskoðun, að með sama áframhaldi sé líklegt að höfuðstóll ríkissjóðs verði jákvæður á næsta ári.
Í skýrslunni kemur fram, að verulega hafi dregið úr áætlunum skattyfirvalda í virðisaukaskatti á undanförnum árum en þó séu enn um 26,2 milljarðar króna í eftirstöðvum. Nú er gert ráð fyrir að einungis 3% af áætlun innheimtist. Ríkisendurskoðun leggur til að fyrirtæki, sem eru sannarlega ekki í rekstri en fá áætlanir, verði afmáð úr fyrirtækjaskrá, samkvæmt heimild í lögum um hlutafélög og einstaklingshlutafélög. Þá leggur stofnunin til að skattyfirvöld fái heimild til að loka virðisaukaskattsnúmerum þeirra aðila sem eru í verulegum vanskilum.