Harðar deilur hafa staðið um flutninga fyrir Varnarliðið frá því að flutningadeild bandaríka hersins gerði samninga við skipafélögin Transatlantic Lines og Atlantsskip. Að mati utanríkisráðuneytis Íslands fela samningarnir í sér að inntak milliríkjasamnings þjóðanna frá 1986 hefur verið hunsað, en áfrýjunarréttur í Bandaríkjunum hefur hafnað því.
Átök um gerð sjóflutninga-samningsins árið 1986