Hreinsa þarf bæði nitur og fosfór úr fráveituvatni til að minnka álag á Mývatn. Neikvæðar breytingar á lífríki Mývatns benda til næringarefnaauðgunar. Þótt ekki teljist sannað að næringaefnaauðgun sé helsta orsök vandans í Mývatni er nauðsynlegt að draga úr losun slíkra efna í vatnið, að mati samstarfshóps um málefni Mývatns. Umhverfisráðherra skipaði hópinn 17. maí sl. Hópurinn hefur skilað skýrslu með upplýsingum um ástand vatnsins og ábendingum um mögulegar aðgerðir til að draga úr neikvæðum áhrifum. Skýrsluna má lesa á vef umhverfis- og auðlindaráðuneytisins.
Hópurinn bendir m.a. á að gera þurfi heildstæða áætlun um úrbætur í fráveitumálum við Mývatn. Þær þurfa að ná til nokkurra staða við vatnið. Til er tillaga að hreinsivirki í Reykjahlíð en hópurinn telur rétt að skoða einnig aðrar lausnir, eins og að dæla eða aka skólpi burt af svæðinu og/eða dæla því niður. Rétt þykir að ríkisvaldið komið að gerð áætlunar um fráveitumál ásamt sveitarstjórn og einnig þykir rétt að skoða aðkomu ríkisvaldsins að fjármögnun aðgerða til umbóta í fráveitumálum í Skútustaðahreppi.
Þá þykir rétt að skoða aðrar aðgerðir til að draga úr innstreymi næringarefna, einkum í landbúnaði og landgræðslu.