Mikill munur er á þeim kjörum sem ríkið býður stofnendum svokallaðra smávirkjana sem nýta land í eigu ríkisins og Landsvirkjun sem rekur stórvirkjanir á þjóðlendum á Þjórsársvæðinu.
Sem dæmi má nefna að eigandi tæplega 10 megavatta virkjunar greiðir jafn mikið fyrir vatnsréttindi í krónum talið, eftir að hafa rekið virkjunina í fimm ár, og Landsvirkjun greiðir fyrir réttindi Sigölduvirkjunar sem er fimmtán sinnum aflmeiri og er með fjórtán sinnum meiri orkugetu.
Landsvirkjun greiðir ríkinu tæplega 90 milljónir króna á ári fyrir afnot af þjóðlendum til rafmagnsframleiðslu í sex virkjunum á Þjórsársvæðinu, samkvæmt nýlegum samningi. Samsvarar það um 0,39% af áætluðum orkusölutekjum virkjananna. Uppsett afl sem samningurinn nær til er liðlega 800 MW eða sem svarar til 40% af uppsettu afli allra vatnsaflsvirkjana fyrirtækisins.
Hluta þessara virkjanaréttinda hafði Alþingi veitt Landsvirkjun án nokkurra skilyrða um endurgjald en eigi að síður samdist svo um að greitt yrði af öllum virkjununum nema Búrfellsvirkjun og miðast gjaldið mikið við niðurstöðu dómstóla um vatnsréttindi Kárahnjúkavirkjunar.