Tom Cruise sendi börn sín tvö, sem hann ættleiddi er hann var kvæntur Nicole Kidman, í sumarbúðir sem Vísindakirkjan rekur í Oregon. Auk hefðbundinna sumarskemmtana á borð við útreiðar, sund og fleira er í sumarbúðunum kennd kenning Vísindakirkjunnar.
Börnin eru Ísabella, sem er 14 ára, og Connor, sem er 12 ára. Heimildamaður sagði við tímaritið Star: „Sumarbúðirnar eru ein af aðferðum Vísindakirkjunnar við að „ná þeim ungum“ ... Á hverjum degi sitja þau kennslustundir í kenningum kirkjunnar.“
Leiðtogar Vísindakirkjunnar hafa lýst því yfir að Cruise sé „hinn útvaldi“ boðberi trúarsetninga kirkjunnar. Stofnandi söfnuðarins, bandaríski vísindaskáldsagnahöfundurinn L. Ron Hubbard, hélt því fram að alheimsvaldurinn Xenu hefði sent geimverur til jarðarinnar og síðan drepið þær með vetnissprengju. Sálir geimveranna hafi tekið sér bólfestu í útvöldum mönnum, svonefndum þetunum, sem muni er fram líða stundir verða frelsaðir.
Isabella og Connor fóru í sumarbúðirnar á meðan faðir þeirra var í Berlín við gerð myndarinnar Valkyrjan. Núverandi kona hans, Katie Holmes, er hjá honum með dóttur þeirra, Suri, sem er 16 mánaða.