Komið hefur í ljós, að framkvæmdir við Múlavirkjun á Snæfellsnesi hafa ekki verið í samræmi við yfirlýst og samþykkt áform. Hefur virkjunarleyfi fyrir Múlavirkjun verið til skoðunar í iðnaðarráðuneyti vegna þeirra breytinga sem orðið hafa á framkvæmdinni og hefur ráðuneytið óskað eftir því að framkvæmdaraðili sækti um nýtt virkjunarleyfi. Beðið er eftir tilskildum gögnum og upplýsingum.
Þetta kemur fram í skriflegu svari umhverfisráðherra á Alþingi við fyrirspurn Jóns Bjarnasonar, þingmanns VG.
Skipulagsstofnun komst að þeirri niðurstöðu árið 2004 að virkjunin væri ekki matsskyld og því þyrfti ekki að meta umhverfisáhrif hennar. Í október 2004, eftir að leyfi fyrir framkvæmdinni höfðu verið gefin út, bárust Skipulagsstofnun ábendingar vegna mikils rasks á framkvæmdasvæðinu og gruns um ósamræmi framkvæmda við yfirlýst og samþykkt áform. Af þeim sökum óskaði Skipulagsstofnun eftir upplýsingum frá sveitarstjórn og byggingarfulltrúa Eyja- og Miklaholtshrepps en þær upplýsingar fengust, að framkvæmdin væri í öllum meginatriðum í samræmi við samþykkt deiliskipulag, fyrir utan staðsetningu slóðar sem hefði verið lagfærð fyrir veiðifélag Baulárvallavatns.
Eftir áframhaldandi kvartanir og ábendingar til Skipulagsstofnunar fór fulltrúi hennar á vettvang í maí 2005 til að skoða mannvirki og framkvæmdasvæðið og var það niðurstaða Skipulagsstofnunar eftir þessa skoðun, að stærð stöðvarhúss væri ekki í samræmi við gögn í tilkynningu til Skipulagsstofnunar og deiliskipulag svæðisins. Jafnframt væri mun meira rask væri við Hraunsfjarðarvatn en ætla mætti af upplýsingum frá framkvæmdaraðila.
Í september 2005 bárust á ný ábendingar til Skipulagsstofnunar, m.a. frá Umhverfisstofnun, um að stíflan í Straumfjarðará væri hærri en gert hefði verið ráð fyrir sem talið var valda því að samfellt vatnsborð væri frá stíflu og upp í Baulárvallavatn og að vatnsborð Baulárvallavatns hefði hækkað umtalsvert vegna þessa. Á grundvelli þessara ábendinga sendi Skipulagsstofnun Eyja- og Miklaholtshreppi bréf, þar sem gerð var grein fyrir þessum ábendingum og var tekið fram að sveitarstjórnir færu með eftirlit með því hvort framkvæmdir væru í samræmi við framkvæmda- og byggingarleyfi. Af hálfu Múlavirkjunar var þá viðurkennt að stíflan í Straumfjarðará væri hærri en áform hefðu verið um.
Framkvæmdaraðili boðaði í framhaldinu úrbætur og var fundað um málið með honum, Orkustofnun, Umhverfisstofnun, Skipulagsstofnun og iðnaðarráðuneytinu.