Rekstur Reyjavíkurborgar árið 2006 var neikvæður, hvort sem litið er til A hluta eða samantekins A og B hluta. Rekstrarhalli A hluta nam 2287 milljónum króna en áætlun gerði ráð fyrir afgangi upp á 1309 milljónum. Halli samkvæmt samanteknum A og B hluta varð 4317 milljónum en áætlun lagði upp með 1767 milljónir í afgang.
Í endurskoðunarskýrslu Grant Thorntons um ársreikningana segir, að halli á A hluta borgarsjóðs hafi verið viðvarandi frá árinu 2002. Slík niðurstaða geti engan veginn talist viðunandi þegar litið sé til hagstæðs efnahagsástands og í ljósi þess að A hlutinn hafi notið verulegra arðgreiðslna frá eigin fyrirtækum öll þessi ár.
Þá bendi samanburður á rekstrarniðurstöðu Reykjavíkurborgar við afkomu annarra stærri sveitarfélaga til þess, að rekstrarárangur borgarinnar sé langt undir því sem almennt gerist hjá þeim sveitarfélögum. Brýnt sé að forráðamenn borgarinnar leiti skýringa á því hvaða þættir valda þessum slaka rekstrarárangri og brugðist verði við með viðeigandi hætti svo að ekki þurfi að koma til skuldasöfnunar af þessum ástæðum.
Vilhjálmur Þ. Vilhjálmsson, borgarstjóri, segir í tilkynningu að þetta sé áfellisdómur, sem ekki komi á óvart enda hafi hann margsinnis bent á veikburða fjármálastjórn fyrri meirihluta. Því til sönnunar sé nærtækast að líta til annarra sveitarfélaga og bera rekstrarniðurstöður þeirra saman við borgarinnar eins og gert sé í endurskoðunarskýrslunni. Nýr meirihluti í borgarstjórn hafi þegar brugðist við flestum áskorunum ytri endurskoðenda borgarinnar og unnið að úrbótum.
Rekstur Reykjavíkurborgar skiptist í A-hluta og B-hluta. Til A-hluta telst starfsemi sem að hluta eða öllu leyti er fjármögnuð með skatttekjum. Um er að ræða Aðalsjóð, þ.e. rekstur málaflokka, Eignasjóð og Skipulagssjóð. Til B-hluta teljast fjárhagslega sjálfstæð fyrirtæki sem að hálfu eða meiri hluta eru í eigu borgarinnar, en rekstur þeirra er að stofni til fjármagnaður með þjónustutekjum. Fyrirtækin eru: Aflvaki hf., Bílastæðasjóður Reykjavíkur, Faxaflóahafnir sf., Félagsbústaðir hf., Íþrótta- og sýningarhöllin hf., Malbikunarstöðin Höfði hf., Orkuveita Reykjavíkur, Skíðasvæði höfuðborgarsvæðisins, Slökkvilið höfuðborgar-svæðisins bs., Sorpa bs. og Strætó bs.