Umhverfisráðherra hefur skipað stjórn Vatnajökulsþjóðgarðs til næstu fjögurra ára og verður Anna Kristín Ólafsdóttir, aðstoðarkona umhverfisráðherra, formaður hennar. Gert er ráð fyrir að þjóðgarðurinn verði formlega stofnaður snemma á næsta ári.
Stjórn Vatnajökulsþjóðgarðs hefur umsjón með náttúruvernd í Vatnajökulsþjóðgarði og eru helstu verkefni hennar eftirfarandi:
1. Stefnumótun í málefnum þjóðgarðsins í samræmi við markmið laga þessara.
2. Yfirumsjón með gerð tillögu að verndaráætlun og reglugerðar fyrir þjóðgarðinn.
3. Gerð fjárhagsáætlunar um rekstur þjóðgarðsins, ráðstöfun fjár til rekstrarsvæða og samþykkt rekstraráætlunar hvers svæðis.
4. Samræming á starfsemi rekstrarsvæða þjóðgarðsins.
5. Eftirlit með framkvæmd reglna þjóðgarðsins og verndaráætlunar.
6. Samstarf við stofnanir, sveitarfélög og hagsmunaaðila um málefni þjóðgarðsins.
Í stjórninni Vatnajökulsþjóðgarðs sitja sjö fulltrúar: fjórir formenn svæðisráða þjóðgarðsins, einn fulltrúi tilnefndur af umhverfisverndarsamtökum og tveir fulltrúar skipaðir án tilnefningar af umhverfisráðherra, þ.e. formaður og varaformaður. Einn fulltrúi tilnefndur af útivistarsamtökum á áheyrnaraðild að fundum stjórnar, samkvæmt tilkynningu.
Stjórn Vatnajökulsþjóðgarðs skipa:
Anna Kristín Ólafsdóttir, formaður
varamaður, Hilmar J. Malmquist,
Ellý Katrín Guðmundsdóttir, varaformaður,
varamaður, Hjalti J. Guðmundsson,
Rúnar Þórarinsson, aðalmaður og Böðvar Pétursson, varamaður,
Eiríkur Björn Björgvinsson, aðalmaður og Björn Ármann Ólafsson, varamaður,
Hjalti Þór Vignisson, aðalmaður og Björn Ingi Jónsson, varamaður,
Elín Heiða Valsdóttir, aðalmaður og Eydís Indriðadóttir, varamaður,
Þórunn Pétursdóttir, aðalmaður og Ingólfur Á. Jóhannesson, varamaður,
tilnefnd af umhverfisverndarsamtökum og
Magnús Hallgrímsson, aðaláheyrnarfulltrúi og Magnús Tumi Guðmundsson, varaáheyrnarfulltrúi,
tilnefndir af Samtökum útivistarfélaga.