Skuldir hafnarsjóða vega mjög þungt í fjármálum margra sveitarfélaga. Í skýrslu sem Hagfræðistofnun Háskóla Íslands hefur unnið fyrir Siglingamálastofnun eru dæmi um að skuldir hafnarsjóðs sveitarfélags séu um og yfir helmingur af skuld sveitarfélagsins.
Fram kemur að skuldir hafnarsjóðs sem hlutfall af skuldum sveitarsjóðs eru mestar í Sandgerði, miðað við árslok 2006. Næsthæst er hlutfallið í Seyðisfirði, en þessi tvö sveitarfélög voru þau einu þar sem skuldir hafnarsjóðs voru meira en helmingur af skuld sveitarsjóðs.
Samkvæmt upplýsingum frá Sandgerðisbæ voru skuldir sveitarsjóðs í lok árs 2007 817,9 milljónir, en skuldir hafnarsjóðs 447,9 milljónir sem gera tæp 55% af skuldum sveitarsjóðs.
Afkoma hafnarinnar hefur breyst mjög til hins verra, en árið 1990 var hún rekin með 1,2 milljóna króna halla samanborið við 39,6 milljóna króna halla árið 2006. Eins og sagt var frá í 24 stundum í gær gildir hið sama um margar aðrar hafnir landsins, en á árunum 1990 til 2006 snerist 560 milljóna króna hagnaður af rekstri hafna landsins í 170 milljóna tap.
Sigurður segir versnandi rekstur hafnarinnar í Sandgerði fyrst og fremst stafa af því að kvótastaða bæjarins hafi breyst verulega til hins verra þegar Miðnes sameinaðist HB Granda á Akranesi fyrir rúmum áratug. Þá hafi verið fjárfest mikið vegna bræðslu uppsjávarfisks í Sandgerði, sem svo hafi verið flutt úr bæjarfélaginu.
Samkvæmt skýrslunni eru skuldir hafnarsjóðs milli 40 og 50% af skuldum sveitarsjóðs á Vopnafirði og Tálknafirði. Í fimm sveitarfélögum eru skuldir hafnarsjóðs milli 30 og 40% af skuldum sveitarsjóðs; á Reykjanesi, í Vesturbyggð, Grindavík, Langanesbyggð og Norðurþingi.