Hæstiréttur segir í niðurstöðu sinni um Baugsmálið, að ekki sé fært samkvæmt lögum um meðferð opinberra mála, að endurskoða sönnunarmat héraðsdóms á grundvelli skjallegra gagna einna og án tillits til munnlegra skýrslna fyrir héraðsdómi.
Þá segir dómurinn að í þremur tilvikum hafi héraðsdómur litið svo á, að Baugur hefði veitt lán sem væru andstæð hlutafélagalögum. Í héraðsdómi hafði Jón Ásgeir Jóhannesson verið sýknaður af sökum samkvæmt þeim liðum ákærunnar án þess að afstaða væri tekin til þess hvort sannað væri að hann hafi af ásetningi látið Baug veita þessi lán, en lánin voru veitt á árunum 1999 og 2001.
Hæstiréttur segir, að með því að litið hafi veri svo á, að brot þessi, ef sönnuð yrðu, myndu ekki varða þyngri refsingu en sektum þætti sýnt að hugsanleg sök hafi hefði verið fyrnd. Það yrði því andstætt rétti Jóns Ásgeirs, samkvæmt 1. málsgrein 70. greinar stjórnarskrárinnar til réttlátrar meðferðar máls innan hæfilegs tíma, að ómerkja héraðsdóm til þess eins að láta meta hvort sök hans væri sönnuð samkvæmt þessum ákæruliðum en sýkna hann að því búnu vegna fyrningar.
Niðurstöður héraðsdóms um sakfellingar Jóns Ásgeirs, Tryggva Jónssonar og Jóns Geralds Sullenberers voru staðfestar, að frátalinni sakfellingu Jóns Ásgeirs fyrir að hafa látið senda ranga opinbera tilkynningu um hag Baugs, enda lá slík tilkynning ekki fyrir í málinu.