Skipulagsstofnun telur að fyrirhugð framkvæmd við lagningu Norðfjarðarvegar um Norðfjarðargöng muni hafa jákvæð áhrif á samgöngur og samfélag í Fjarðabyggð. Veglagningin mun valda neikvæðum áhrifum á ýmsa umhverfisþætti, sérstaklega á framkvæmdatíma. Áhrif á gróðurfar, dýralíf, landnotkun til landbúnaðar og útivistar, auk sjónrænna áhrifa munu verða talsvert neikvæð. Skipulagsstofnun leggur til að það skilyrði verði sett fyrir framkvæmdaleyfi að fyrir liggi samkomulag Vegagerðarinnar og landeiganda um endurheimt votlendis.
Sex veglínur voru lagðar fram til athugunar Skipulagsstofnunar. Hver þessara leiða hefur mismunandi áhrif á ólíka þætti umhverfisins. Í ljósi þess, auk margvíslegra hagsmuna á svæðinu þarf að vega og meta hvaða veglína þjóni best markmiðum framkvæmdarinnar og valdi sem minnstum neikvæðum umhverfisáhrifum.
Skipulagsstofnun telur að áhrif mismunandi leiða á vatnsból þurfi að vera ráðandi við val á veglínum. Afar brýnt er að þéttbýlisstaðirnir beggja megin Norðfjarðarganga eigi greiðan aðgang að hreinu neysluvatni.