Í nýrri skýrslu Ríkisendurskoðunar kemur fram að ráðuneytin þurfi að samræma eftirlit sitt með framkvæmd fjárlaga hjá ríkisstofnunum. Í tilkynningu frá Ríkisendurskoðun segir að brýnt sé að gera rekstraráætlanir fyrir fleiri fjárlagaliði en hingað til og tryggja að allar slíkar áætlanir séu skráðar í bókhaldskerfi ríkisins.
Í tilkynningunni segir: „Í byrjun þessa árs ákvað Ríkisendurskoðun að gera sérstakt átak í eftirliti með fjármálastjórn ráðuneyta og stofnana. Var sjónum m.a. beint að skilum stofnana á rekstraráætlunum fyrir árið 2009 og skráningu þeirra í bókhaldskerfi ríkisins. Í skýrslunni Fjármálastjórn ráðuneyta og skil rekstraráætlana kemur fram að almennt skiluðu stofnanir áætlunum sínum seint miðað við gildandi reglur og ráðuneytin voru sömuleiðis sein að afgreiða þær. Að hluta til hafi ástæðan verið sú að dráttur varð á afgreiðslu fjárlaga. Þá er gagnrýnt að í byrjun maí höfðu margar áætlanir enn ekki verið skráðar í bókhaldskerfi ríkisins.
Í skýrslunni kemur fram að eftirlit ráðuneytanna með framkvæmd fjárlaga hjá stofnunum er mismunandi sem og reglur þeirra um meðferð uppsafnaðs halla og ónýttra fjárheimilda frá fyrri árum. Ríkisendurskoðun telur brýnt að hvort tveggja verði samræmt.
Um helmingur fjárlagaliða skilar ekki rekstraráætlunum en Ríkisendurskoðun telur að stærstur hluti þeirra eigi að gera það. Þá telur stofnunin brýnt að allar áætlanir séu skráðar í bókhaldskerfi ríkisins og uppfærðar þar breytist forsendur í rekstri. Sú regla eigi að gilda að hafi stofnun ekki skilað áætlun innan settra tímamarka skuli viðkomandi ráðuneyti gera áætlun og leggja fyrir forstöðumann að fylgja henni."