Þótt margt sé augljóslega vel gert í starfi Keilis ehf. á Keflavíkurflugvelli þarf Keilir engu að síður að efla enn frekar faglegt gæðastarf sitt, að mati Ríkisendurskoðunar. Þá sé óvíst hvort fjárhagslegur grundvöllur sé fyrir rekstri skólans.
Í nýrri skýrslu Ríkisendurskoðunar kemur fram að enn sem komið er sé erfitt að meta árangur af starfi Keilis eða hverju fjárveitingar til hans hafi skilað. Margt sé þó augljóslega vel gert í starfi skólans. Hann hafi m.a. mætt þörf fullorðins fólks sem lauk ekki framhaldsskólanámi og hleypt lífi í vaxandi samfélag á flugvallarsvæðinu og menntamál Suðurnesja. Þá beri nemendur náminu góða sögu.
Fram kemur í skýrslunni, að í árslok 2009 nam uppsafnaður halli af rekstri Keilis 136 milljónum króna og skuldir voru 463 milljónir. Að mati Ríkisendurskoðunar er óvíst hvort fjárhagslegur grundvöllur sé fyrir rekstri skólans. Bent er á að ríkisvaldinu sé ekki að lögum skylt að styðja einkaskóla á borð við Keili heldur beri þeim beri sjálfum að tryggja eigið rekstraröryggi.
Á árunum 2007–10 fékk Keilir ehf. samtals 685,7 milljónir króna úr ríkissjóði. Í skýrslunni kemur fram að um helmingur fjárins átti að renna til svokallaðrar frumgreinakennslu sem hefur að markmiði að búa nemendur undir háskólanám.
Sérstakir samningar voru gerðir um þau framlög milli menntamálaráðueytisins, Háskóla Íslands og Keilis. Í skýrslunni er gagnrýnt að Keilir hafi nýtt hluta þeirra til annarrar starfsemi en frumgreinakennslu. Ríkisendurskoðun telur brýnt að fjárveitingar ríkisins til skólans renni til þeirra verkefna sem um hefur verið samið.
Samstarf Keilis við Háskóla Íslands kemur í veg fyrir að hann geti innheimt skólagjöld af nemendum í grunnnámi á háskólastigi. Því hefur skólinn farið þá leið að skilgreina grunnnám sem endurmenntun. Nýsamþykkt lög um opinbera háskóla girða fyrir þetta. Þar með getur Keilir ekki innheimt önnur gjöld í grunnnámi en skráningargjöld meðan á samstarfi hans við opinberan háskóla stendur.