Ríkisendurskoðun gerir ýmsar athugasemdir við reikningsskil og fjármálastjórn ríkisins í nýrri skýrslu. Þar er meðal annars gagnrýnt að ekki skuli getið um tilteknar skuldbindingar í ríkisreikningi. Ekki nógu vel staðið að framkvæmd tilmæla ríkisstjórnarinnar um launalækkun og athugasemd gerð við ráðstöfun fjár sem fékkst við sölu Lánasjóðs landbúnaðarins.
Í skýrslunni Endurskoðun ríkisreiknings 2009 eru gerðar ýmsar athugasemdir við reikningsskil og fjármálastjórn ríkisins. Meðal annars er gagnrýnt að ekki skuli í ríkisreikningi getið um verulegar fjárhagslegar skuldbindingar sem ríkissjóður tók á sig á síðasta ári vegna yfirtöku banka á innstæðum í föllnum fjármálafyrirtækjum.
Þá er gerð alvarleg athugasemd við þá ákvörðun landbúnaðarráðuneytisins árið 2005 að verja fé sem fékkst við sölu á Lánasjóði landbúnaðarins, rúmlega 214 milljónum króna, til kaupa á bankabréfum hjá Kaupþingi. Við hrun bankans árið 2008 voru bréfin skilgreind sem almennar viðskiptakröfur og benda líkur til þess að féð sé nú að verulegu leyti glatað. Að mati Ríkisendurskoðunar er brýnt að settar verði skýrar og samræmdar reglur um eignaumsýslu ríkissjóðs.
Á síðasta ári lagði ríkissjóður fram 11,6 milljarða króna í tengslum við endurreisn vátryggingafélagsins Sjóvár. Ríkisendurskoðun telur ekki ljóst við hvaða lagaheimild fjármálaráðherra studdist þegar ákvörðun um framlagið var tekin. Að mati stofnunarinnar er tímabært að endurskoða þann lagagrunn sem þátttaka ríkissjóðs í endurskipulagningu fjármálafyrirtækja hefur hingað til byggst á.
Sumarið 2009 beindi ríkisstjórnin þeim tilmælum til ráðuneyta og stofnana að þau lækkuðu laun umfram 400 þús.kr. á mánuði. Könnun Ríkisendurskoðunar leiddi í ljós að fjölmargar stofnanir urðu ekki við þessum tilmælum. Í skýrslunni er gagnrýnt hvernig fjármálaráðuneytið og önnur ráðuneyti stóðu að því að kynna þau og leiðbeina um framkvæmd þeirra. Hins vegar kemur fram að vel hafi tekist að framfylgja ákvörðun ríkisstjórnarinnar frá sama tíma um að segja upp öllum aksturssamningum við ríkisstarfsmenn.
Í skýrslunni kemur fram að um fimmtungur tekna ríkisins af virðisaukaskatti árið 2009 hafi byggst á áætlunum sem gerðar eru ef framteljandi skilar ekki skýrslu. Slíkar áætlanir eiga m.a. að hvetja framteljendur til að standa skil á skýrslum. Að mati Ríkisendurskoðunar er ljóst að þær hafa einungis takmörkuð áhrif að þessu leyti. Huga þarf að öðrum úrræðum til að bæta skilin.
Ýmsar fleiri athugasemdir er að finna í skýrslunni sem m.a. snúa að innheimtu skammtímakrafna, öryggi upplýsingakerfa ríkisins og reglum um markaðar tekjur. Þess má að lokum geta að endurskoðun ríkisreiknings 2009 náði m.a. til yfir 300 fjárlagaliða, stofnana, fyrirtækja, sjóða og hlutafélaga í eigu ríkisins af samtals tæplega 500.