Ríkisendurskoðun telur, að Háskóli Íslands þurfi að hafa virkari afskipti en hingað til af starfsemi Raunvísindastofnunar og betra eftirlit með henni. Meðal annars þurfi stjórnendur háskólans að taka meiri þátt í gerð rekstraráætlana stofnunarinnar og tryggja að eftir þeim sé farið en halli hefur verið á rekstrinum undanfarin ár.
Þá ber að mati Ríkisendurskoðunar að kanna hvort rétt sé að færa fjárveitingu til Raunvísindastofnunar undir HÍ en stofnunin er nú sjálfstæður liður í fjárlögum.
Raunvísindastofnun er hluti af Háskóla Íslands og skiptist í tvær undirstofnanir: Jarðvísindastofnun og Eðlis-, efna- og stærðfræðistofnun. Yfir Raunvísindastofnun er stjórn og undir hana heyra framkvæmdastjóri og skrifstofa. Jafnframt hefur hvor undirstofnun sína eigin stjórn. Samkvæmt lögum ber forseti verkfræði- og náttúrvísindasviðs HÍ ábyrgð á fjár- og starfsmannamálum Raunvísindastofnunar.
Í nýrri skýrslu Ríkisendurskoðunar um Raunvísindastofnun kemur m.a. fram, að samskipti mennta- og menningarmálaráðuneytisins við stofnunina beri vott um að það líti ýmist á stofnunina sem sjálfstæða ríkisstofnun eða hluta af HÍ. Ríkisendurskoðun segist telja, að ráðuneytið eigi að haga samskiptum sínum við stofnunina með þeim hætti að forræði háskólans yfir henni sé virt.
Ríkisendurskoðun telur að einfalda eigi skipulag Raunvísindastofnunar þannig að yfir henni verði aðeins ein stjórn. Þá telur Ríkisendurskoðun að setja þurfi skýrar verklagsreglur um ýmsa þætti í rekstri Raunvísindastofnunar og að hún þurfi að bæta umsýslu sína með styrkjum og rannsóknum.