Flestar þær breytingar sem sjávarútvegsfrumvarp ríkisstjórnarinnar hefur í för með sér munu hafa neikvæð áhrif á rekstrarumhverfi sjávarútvegsfyrirtækja. Þetta kemur fram í umsögn Íslandsbanka um frumvarpið til sjávarútvegs- og landbúnaðarnefndar. Þar segir að sjávarútvegurinn verði óhagkvæmari, arðsemi fyrirtækja muni minnka og hvati til fjárfestinga dragast saman. Þá muni samkeppnisstaða íslensks sjávarútvegs erlendis veikjast þegar fram líði stundir.
Verði frumvarpið að lögum munu sjávarútvegsfyrirtækin gjaldfæra samstundis allar eignfærðar aflaheimildir og það mun leiða til lækkunar á eigin fé greinarinnar um 180 milljarða króna og fjöldagjaldþrota. Þetta er meðal þess sem kemur fram í umsögn Samtaka atvinnulífsins, Landssambands íslenskra útvegsmanna og Samtaka fiskvinnslustöðva.
Í umsögn Landsbankans um frumvarpið kemur fram að bankinn þurfi að greiða stóran hluta af stóra skuldabréfinu svokallaða sem hann gaf út til gamla Landsbankans verði frumvarpið samþykkt. Skuldabréfið nam 276,8 milljörðum króna í lok mars sl. Í samningi milli gamla og nýja Landsbankans er gjaldfellingarákvæði á skuldabréfið. Þar segir að 30-50% heildarveðsetningar fyrir skuldabréfinu skuli koma frá sjávarútvegi. Verði frumvarpið að lögum er það mat Landsbankans að hlutfallið færi niður fyrir 30% þar sem virði veðsetningar útlána til sjávarútvegsfyrirtækja myndi minnka. Bankinn þyrfti því að greiða tugi milljarða fyrr en ella.
Í álitsgerð lögmannsstofunnar LEX um frumvarpið segir m.a. að í því felist ótvíræð stjórnarskrárbrot þar sem vegið sé að atvinnufrelsi núverandi handhafa aflaheimilda.
Í sameiginlegri umsögn SA, LÍÚ og Samtaka fiskvinnslustöðva til sjávarútvegsnefndar um kvótafrumvarpið segir m.a. að það standist ekki stjórnarskrá Íslands. Þannig standist upptaka ríkisins ekki ákvæði stjórnarskrárinnar um vernd eignaréttarins. Réttindin sem felist í aflaheimildunum verði því ekki tekin af fyrirtækjunum bótalaust. Frumvarpið muni einnig minnka skatttekjur ríkissjóðs um tugi milljarða króna.