Sveinn Arason ríkisendurskoðandi hefur oftar en einu sinni gagnrýnt ráðherra Vinstrihreyfingarinnar fyrir verk sín. Í einu tilviki kallaði hann aðgerðir ráðherra flokksins „ólíðandi“ og í öðru tilviki sakaði hann annan ráðherra um vinnubrögð sem væru „ekki til fyrirmyndar eða til þess fallin að auka tiltrú almennings á stjórnsýslunni“.
Björn Valur Gíslason, formaður fjárlaganefndar, hefur síðustu daga gagnrýnt Ríkisendurskoðun harðlega og raunar gengið svo langt að segja að það ríki fullkominn trúnaðarbrestur milli þingsins og Ríkisendurskoðunar.
Tilefni gagnrýni Björns Vals er að Ríkisendurskoðun hefur í átta ár dregið að skila skýrslu um kaup á fjárhagsupplýsingakerfi fyrir ríkið. Drög að skýrslunni voru tilbúin 2009, en lítið hefur verið unnið í henni síðan. Stofnunin hefur ekki útskýrt hvaða ástæður liggja að baki þessum töfum. Forseti Alþingis hefur gefið stofnuninni eins mánaðar frest til að skila skýrslu til Alþingis um þetta mál. Drög að skýrslunni voru fyrir helgi send til Fjársýslunnar til umsagnar og fær hún viku til að skila umsögninni.
Í Kastljósi kom fram að Björn Valur Gíslason spurðist fyrir um skýrsluna árið 2009. Hann fékk þá þau svör að skýrslan væri að verða tilbúin og yrði birt fljótlega. Björn Valur var í Kastljósi spurður hvers vegna hann hefði ekki fylgt þessu máli eftir í þau þrjú ár sem liðin eru.
„Sjálfsagt hefði ég átt að gera það, en á þessum tíma voru menn önnum kafnir við ýmis verk, nánast að reka samfélagið hér frá degi til dags og þetta hefur orðið undir í þeim málaflóðum sem við vorum að glíma við einmitt á þessum tíma,“ sagði Björn Valur.
Ríkisendurskoðun er eftirlitsstofnun sem heyrir undir Alþingi og má örugglega telja hana mikilvægustu undirstofnun Alþingis. Alþingi leitar til Ríkisendurskoðunar eftir áliti í sambandi við gerð fjárlaga, en stofnunin er einnig í því hlutverki að hafa eftirlit með framkvæmdavaldinu, þ.e. því sem ráðuneyti og ráðherrarnir eru að gera.
Á síðustu árum hefur Sveinn Arason ríkisendurskoðandi oftar en einu sinni gert alvarlegar athugasemdir við framgöngu ráðherra VG og kunnu þeir honum ekki alltaf miklar þakkir fyrir.
Haustið 2009 samþykkti ríkisstjórnin áætlun um byggingu hjúkrunarheimila með samtals 361 hjúkrunarrými í níu sveitarfélögum á árunum 2010–2013. Áætlaður kostnaður við framkvæmdir nam um níu milljörðum króna. Áformað var að fara í þetta verkefni með þeim hætti að viðkomandi sveitarfélög önnuðust hönnun og byggingu heimilanna í samræmi við viðmið velferðarráðuneytisins en að Íbúðalánasjóður lánaði til framkvæmdanna. Framkvæmdasjóði aldraðra eða velferðarráðuneytinu var síðan ætlað að greiða húsaleigu næstu 40 ár til viðkomandi sveitarfélaga og reiknist hún sem ígildi stofnkostnaðar.
Ef fara ætti í þessa framkvæmd með þessum hætti hefði skuldbindingin aldrei komið fram í ríkisreikningi. Þessi leið hefur stundum verið kölluð gríska leiðin, en hún gengur út á að skuldbinda ríkissjóð án þess að skuldirnar komi fram í bókhaldi ríkissjóðs með beinum hætti. Ríkisendurskoðandi gerði alvarlegar athugasemdir við þessa aðferð og taldi að eignfæra ætti í efnahagsreikningi ríkisins bæði þá fjármuni sem ríkið kaupir og leigir. Ríkisendurskoðun taldi að líta bæri á leigusamning sjóðsins við sveitarfélögin sem fjármögnunarleigusamning milli ríkisins og þeirra.
Steingrímur fékk einnig orð í eyra frá Ríkisendurskoðun í sambandið við hið svokallaða Árbótarmál. Það mál snerist um uppgjör við eigendur meðferðarheimilisins Árbótar i Þingeyjarsýslu þegar stjórnvöld ákváðu að framlengja ekki samning við heimilið. Málið var á könnu Árna Páls Árnasonar velferðarráðherra, en fjármálaráðuneytið tengdist líka málinu.
Í umsögn Ríkisendurskoðunar eru gagnrýnd afskipti þingmanna í NA-kjördæmi af málinu. „Inn í samningsferli ráðuneytisins og Árbótar blönduðust þó augljós afskipti einstakra þingmanna Norðausturkjördæmis, m.a. fjármálaráðherra [Steingrímur J. Sigfússon] (sbr. áðurnefnt tölvubréf hans frá 22. janúar 2010). Telja verður að þau afskipti hafi að einhverju leyti veitt málinu úr faglegum farvegi og inn í hreinar samningaviðræður um bætur til heimilisins. ... Að mati Ríkisendurskoðunar eru slík vinnubrögð ekki til fyrirmyndar eða til þess fallin að auka tiltrú almennings á stjórnsýslunni,“ sagði í skýrslu Ríkisendurskoðunar um Árbót.
Álfheiður Ingadóttir fékk einnig ádrepu frá ríkisendurskoðanda þegar hún var heilbrigðisráðherra. Steingrímur Ari Arason, forstjóri Sjúkratrygginga, hafði á árinu 2010 leitað til ríkisendurskoðanda í kjölfar setningar reglugerðar um þátttöku sjúkratrygginga í nauðsynlegum tannlækninga- og tannréttingakostnaði sjúkratryggðra vegna alvarlegra afleiðinga meðfæddra galla, sjúkdóma og slysa. Álfheiður var mjög ósátt við að hann skyldi gera þetta og lýsti því yfir að hún ætlaði að áminna Steingrím Ara, en það þykir talsvert alvarlegt skref fyrir embættismann að fá áminningu.
Af þessu tilefni sendi ríkisendurskoðandi forseta Alþingis bréf þar sem hann gagnrýnir framgöngu Álfheiðar harðlega. „Það er að mínu mati með öllu ólíðandi ef stjórnendur ríkisstofnana geta átt á hættu að vera sakaðir um að hafa „brotið gegn góðum starfsháttum og hollustu- og trúnaðarskyldum“ sínum með því einu að leita ráða hjá Ríkisendurskoðun um fjárreiðutengd málefni.“
Álfheiður hætti í kjölfarið við að áminna Steingrím Ara.