Jón Ásgeir Jóhannesson hafði mikil, bein og óeðlileg afskipti af daglegum rekstri Glitnis og mikil ítök og áhrif. Þetta kemur m.a. fram í ákæru sérstaks saksóknara á hendur honum og þremur fyrrverandi starfsmönnum bankans.
Í ákæru sérstaks saksóknara vegna Aurum-málsins svokallaða kemur fram að rannsókn málsins leiddi í ljós að fljótlega eftir að FL Group hf. tryggði sér yfirráð yfir Glitni í lok apríl 2007 hóf Jón Ásgeir Jóhannesson að hlutast til um það hverjir tækju sæti í stjórn bankans. Einnig samdi Jón Ásgeir við Bjarna Ármannsson, þáverandi bankastjóra Glitnis, um starfslok hans hjá bankanum og hafði hönd í bagga með því að samið var við Lárus Welding um að hann tæki við starfi forstjóra Glitnis í apríl 2007.
Jón Ásgeir var á árinu 2008 eigandi 45% hlutar í Fjárfestingarfélaginu Gaumi ehf. sem var að öðru leyti í eigu fjölskyldu hans. Gaumur átti 75,39% hlutafjár í Baugi Group hf. en Jón Ásgeir var stjórnarformaður þess félags til 18. júlí 2008. Baugur átti 36,4% í FL Group hf. á árinu 2008 en Fons um 11%.
Að teknu tilliti til framvirkra samninga og eignarhluta 101 Capital ehf., í eigu Ingibjargar Pálmadóttur, þáverandi sambýliskonu og síðar eiginkonu Jóns Ásgeirs, réðu þeir Pálmi Haraldsson og Jón Ásgeir yfir meira en helmingi hlutafjár í FL Group hf. í júlí 2008.
Jón Ásgeir var kosinn stjórnarformaður FL Group 8. júní 2007 en varð að segja sig frá stjórnarformennskunni 19. júní 2008. Baugur átti einnig 30% hlut í Jötni ehf., Fons 10% og West Coast Capital átti 60% en Baugur var á meðal eigenda þess félags. Samanlagt áttu FL Group og Jötunn 39,75% hlutafjár í Glitni. Í krafti þessa stóra eignarhluta gat Jón Ásgeir ráðið meirihluta stjórnar félagsins og í gögnum málsins má sjá hvernig hann beitti áhrifum sínum við val á stjórnarmönnum.
Þá segir að gögn málsins beri með sér að Jón Ásgeir hafi haft mikil, bein og óeðlileg afskipti af daglegum rekstri Glitnis og mikil ítök og áhrif. Þessum áhrifum sínum hafi hann beitt, einkum gagnvart Lárusi Welding og Bjarna Jóhannessyni, fyrrverandi viðskiptastjóra Glitnis banka, en þeir eru báðir einnig ákærðir í málinu.
Þótt Jón Ásgeir væri ekki í formlegri aðstöðu til að stýra Lárusi, sýna tölvupóstsamskipti að Jón Ásgeir sendi Lárusi reglulega erindi sem orðuð voru sem fyrirmæli og lagði fyrir hann lista með verkefnum sem tengdust bæði fjárfestingum bankans sem og lánveitingum til ýmissa aðila, bæði tengdra og ótengdra Jóni Ásgeiri.
Þessa verkefnalista sendi Lárus jafnvel beint til undirmanna sinna með fyrirmælum um að framkvæma þau erindi sem þar komu fram. Í ákærunni segir að ljóst sé að starfsmenn Glitnis litu á Jón Ásgeir sem aðaleiganda bankans og framlögð gögn sýna að Lárus og Bjarni brugðust við erindum hans með öðrum hætti en ætla má um erindi venjulegra hluthafa eða almennra viðskiptavina bankans.
Sérstakur saksóknari nefnir þessu til stuðnings að Bjarni sendi Jóni Ásgeiri trúnaðarupplýsingar um skuldastöðu Fons við bankann í lánveitingaferlinu, sem nú er ákært fyrir, að forsvarsmanni Fons forspurðum.
Þá gera gögn málsins með sér, að sögn saksóknara, að Jón Ásgeir hafi gefið Lárusi tilefni til að óttast um stöðu sína innan Glitnis léti Lárus ekki að vilja hans. Gögnin sýna einnig að undirmenn Lárusar vöruðu hann við því að láta að vilja Jóns Ásgeirs í tengslum við þessa lánveitingu og að hann gerði sér grein fyrir í hvaða hættu hann stefndi hagsmunum bankans með undanlátssemi við Jón Ásgeir.