Breytingar á Vatnajökli valda því að hluti hlaups undan Skaftárkötlum getur komið fram í Hverfisfljóti og brúarmannvirki í Fljótshverfi eru ekki miðuð við Skaftárhlaup. Ef rennsli Hverfisfljóts yrði meira en 500 m³/s yxi verulega í Öðulbrúará, Þverárvatni og Fossálum en vatnshæðarmælir í Hverfisfljóti sendir aðvaranir sjálfvirkt til Veðurstofunnar. Þetta segir í frétt á vefsvæði Veðurstofunnar.
„Upptök hlaupa í Skaftá eru undir tveimur jarðhitakötlum í Vatnajökli (sjá kort). Þegar hleypur úr þeim rennur vatnið fyrst um 40 km undir jöklinum og síðan 20 km eftir farvegi Skaftár áður en það kemur að fyrsta vatnshæðarmæli, sem er viðvörunarmælir við Sveinstind. Söfnunarhraði í katlana er nokkuð jafn; því er langur tími á milli flóða jafnan ávísun á stór flóð. Hlaup úr eystri katlinum eru jafnan stærri en þau sem koma úr vestari katlinum. Úr hvorum katli hleypur að jafnaði á tveggja ára fresti. Hámarksrennsli í hlaupum úr eystri katlinum hefur mest orðið um 1.500 m³/s. Áin getur vaxið úr eðlilegu rennsli, sem er aldrei meira en 300 m³/s að sumri til, í 1.000 til 1.500 m³/s á innan við sólarhring. Vatn tekur nokkurn tíma að ná niður að þjóðvegi en það mun flæða út á hraunið neðan Skálarheiðar. Útbreiðsla þess nær þó ekki hámarki fyrr en nokkru eftir að draga tekur úr rennsli við Sveinstind.
Vatn hleypur úr kötlunum undir jökulinn í þá átt sem fyrirstaða er minnst. Samspil jökulfargs og landslags stjórnar því hvert vatnið rennur. Snemma árs 1994 hljóp Síðujökull fram. Ísmassinn lækkaði og sprakk. Fyrirstaða jökulsins minnkaði og í ágúst það ár kom hlaup úr Vestari-Skaftárkatli sem fór að hluta í Hverfisfljót. Á næsta ári 1995 seint í júlí kom hlaup úr Eystri-Skaftárkatli. Það hlaup kom einnig fram í Hverfisfljóti eða um 101 Gl meðan 260 Gl fóru niður Skaftá. Hámarkshlaupvatns-rennsli í Hverfisfljóti var 400 m³/s og 1230 m³/s í Skaftá. Talið er að 7 Gl hafi komið fram í Djúpá.
Nú hafa orðið þær breytingar á jöklinum síðustu ár að hann hefur rýrnað og taldar auknar líkur á að hluti hlaupsins komi fram í Hverfisfljóti. Í litlu hlaupi úr vestari katlinum haustið 2012 er talið að hlaupvatns hafi orðið vart í fljótinu. Vísbendingar eru um að aðstæður séu að breytast. Hámarksrennsli í hlaupinu 1995 var 500 m³/s að meðtöldu grunnrennsli. Vatnsborð árinnar náði þá upp undir gólf brúarinnar. Brúarmannvirki í Fljótshverfi eru ekki miðuð við Skaftárhlaup. Ef rennsli Hverfisfljóts yrði meira en 500 m³/s yxi verulega í Öðulbrúará, Þverárvatni og Fossálum. Þegar hljóp í báðar árnar sást hlaupið á mæli við Sveinstind um hálfum sólarhring áður en það náði að mælinum við Hverfisfljót en hann er við þjóðveginn. Það tók síðan hálfan sólarhring að vaxa í fullt rennsli. Veðurstofan hefur nú símatengt vatnshæðarmælinn í Hverfisfljóti og komið fyrir leiðni og hitamæli. Mælirinn sendir aðvaranir sjálfvirkt til Veðurstofunnar.“
Þá segir að upplýsa þurfi almenning og erlenda ferðamenn um mögulega náttúruvá: