Vatnsborð Kleifarvatns hefur ekki verið lægra í heila öld. Þurrkatíð nægir ekki til að útskýra lækkun vatnsborðsins og er talið líklegt að sprungur á vatnsbotninum hafi opnast í jarðskjálftanum sem urðu á Suðurlandi á síðasta ári og vatn runnið þar niður.
Samkvæmt upplýsingum frá Orkustofnun hafa síritandi vatnshæðarmælir Vatnamælinga Orkustofnunar skráð vatnshæð Kleifarvatns frá árinu 1964 en fram að því eru til stakir álestrar frá 1930 og frásagnir um vatnsstöðu frá byrjun síðustu aldar. Frá því í júní 2000 hefur vatnsborðið farið stöðugt lækkandi og hefur það lækkað um nærri fjóra metra á rúmu ári. Ekkert rennsli er frá vatninu á yfirborði en leki um botn vatnsins hefur verið tæpur einn rúmmetri undanfarin ár. Þessi leki tvöfaldaðist fyrsta hálfa árið eftir Suðurlandsskjálftana. Lekinn hefur minnkað aftur en er þó um 50% meiri en fyrir jarðskjálftana og vatnsborðið lækkar enn. Nýlega bárust Vatnamælingum Orkustofnunar upplýsingar frá glöggum vegfaranda um sprungur við norðurenda Kleifarvatns þar sem vatn fossaði niður. Sprungurnar eru á svæði sem undanfarna áratugi hafa verið undir vatni. Orkustofnun segir að mögulegt sé að þessar sprungur hafi opnast í Suðurlandsskjálftunum og aukinn leki um þær valdi lækkun vatnsborðsins.